Tujerodne vrste predstavljajo problem, ki se ob Kamniški Bistrici množično pojavlja v zadnjem desetletju. Gre predvsem za zeli kot so nedotika, kanadska rozga in japonski dresnik, med drevnino pa predvsem za robinijo in kalinolistnega pokalca.

Omenjene tujerodne vrste izredno hitro izpodrivajo naravno obvodno zarast vrbe in jelše, s tem pa živalskim vrstam spreminjajo ekološke pogoje, hkrati pa vplivajo na izgled celotne reke. Najbolj so konkurenčne na površinah, ki so bile kakorkoli poškodovane ob posegih v brežine.

V takih primerih naravna zarast (vrba, jelša) skoraj nima možnosti razvoja, saj jo intenzivno rastoča nedotika ali navadni dresnik z lahkoto prerasteta. Ta problem je še posebej pereč na območju Občine Domžale.